从根本、源头上清理整顿。比喻澈底改革以解决问题。语本《汉书・卷二三・刑法志》。△“拔本塞源”
今汉承衰周暴秦极敝之流，俗已薄于三代，而行尧舜之刑，是犹以鞿而御𫘣突，违救时之宜矣。且除肉刑者，本欲以全民也，今去髡钳一等，转而入于大辟。以死罔民，失本惠矣。故死者岁以万数，刑重之所致也。……岂宜惟思所以清原正本之论，删定律令，籑二百章，以应[1]。其余罪次，于古当生，今触死者，皆可募行肉刑。及伤人与盗，吏受赇枉法，男女淫乱，皆复古刑，为三千章。诋欺文致微细之法，悉蠲除。如此，则刑可畏而禁易避，吏不专杀，法无二门，轻重当罪，民命得全，合刑罚之中，殷天人之和，顺稽古之制，成时雍之化。
[1]大辟：死刑。
“正本清源”原作“清原正本”。汉代的史学家班固，曾在《汉书》的〈刑法志〉中讨论国家的刑法制度，认为当时的法律有许多不合宜的地方，处刑的轻重常拿捏不当，重者太重，死刑人数过多；轻者太轻，无法达到遏止的效果。在这种情况之下，无法遏止轻犯者作恶，官吏又每每以斩大盗建立威信，结果社会依然混乱。原因除了礼乐教养的缺乏外，就是刑法制定不当的后果。所以班固认为必须要从源头开始清理、从根本开始整顿，也就是从检讨刑法制度做起，修改不当的法令，重新衡量罚则的轻重，才能使社会达到真正的安定，人民有安乐的生活。后来“正本清源”这句成语就从这里演变而出，比喻澈底改革以解决问题。出现“正本清源”的书证如《晋书・卷三・武帝纪》：“思与天下式明王度，正本清源，于置胤树嫡，非所先务。”
语义比喻澈底改革以解决问题。
类别用在“澈底解决”的表述上。
①人人养成守法观念，才是正本清源，维护社会治安的好方法。
②我们必须在思想上正本清源，才能去除一些不正确的价值判断。
③如今社会风气败坏，想要移风易俗，唯有正本清源，从心灵改革著手。
④如果要完全消弭工程绑标的弊端，就必须正本清源地从制度面下手才行。
⑤想要助他步上正途，唯有断绝他跟不良朋友的往来，才是正本清源的好方法。
⑥公司内部弊病丛生，他虽想要正本清源地加以改革，却无法克服来自各方面的许多阻挠。
1，5 如今社会风气败坏，想要移风易俗，唯有正本清源，从心灵改革着手。
2，正本清源，源自我们内心深处的善良与崇高理想，它能够引导我们追求真理与公正，摆脱私利的诱惑。
3，党员监督，群众监督，层层监督；健全机制，正本清源净源头。
4，18 解决当前经济的实际问题和深层矛盾，必须正本清源，透过现象抓本质。
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6，公民的举止和言行应该以正本清源为原则，具备良好的道德品质和行为规范，为社会营造和谐的氛围。
7，改革开放后，对辩证矛盾观理论上的正本清源和实践上的拨乱反正，引起了我国经济社会的深刻变化。
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9，促进文化发展，促进文化的繁荣首先需要对文化进行正本清源，而对文化进行正本清源很重要的是要加强文化的基础研究。
10，42 这种发展态势,既不利于媒体发挥应有的监督作用,也不利于白酒业正本清源,更让公众无从判明是非。